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【中小企業M&A】会社売却にかかる税金と、失敗しないための税理士の選び方

2025年8月27日

後継者不足や、経営者自身のアーリーリタイアなど、様々な理由から「会社の売却」、すなわち「M&A(合併・買収)」を検討する中小企業の経営者が増えています。丹精込めて育ててきた会社を、第三者へ譲渡し、その対価を得る。これは、経営者にとって重要な「出口戦略」の一つです。

しかし、無事に買い手が見つかり、高い評価額で会社を売却できたとしても、それで終わりではありません。その売却益には、思いのほか高額な税金がかかるという現実が待っています。

こんにちは。「税理士コラボネット」の小林です。私は全国の税理士の先生方から、M&Aが成功したものの、最終的な手取り額が想定よりずっと少なくなってしまった、という経営者の嘆きを伺うことがあります。その成否を分けるのは、M&Aのプロセスにおける「税務」への理解と、それをサポートする専門家の存在です。

この記事では、会社の売却を検討し始めた経営者のために、売却益にかかる税金の仕組みと、M&Aを成功に導き、あなたの利益を最大化するための「税理士の選び方」について、プロの視点から解説します。

会社売却(M&A)でかかる税金の種類と税率

中小企業のM&Aで最も一般的な手法は「株式譲渡」です。これは、あなたが保有する自社の株式を、買い手である第三者に売却する方法です。この場合、あなたが個人として得た「株式の売却益」に対して税金がかかります。

この売却益は「譲渡所得」と呼ばれ、給与所得など他の所得とは合算されずに、分離して計算されます。そして、その税率は合計で20.315%と定められています。

  • 所得税:15%
  • 復興特別所得税:0.315% (所得税額の2.1%)
  • 住民税:5%

計算式:『(株式の売却価格)-(取得費+譲渡費用)』× 20.315%
「取得費」とは、あなたが会社を設立したときに出資した資本金の額など、その株式を取得するためにかかった費用です。「譲渡費用」は、M&A仲介会社に支払った手数料などが該当します。

例えば、資本金300万円で設立した会社を、1億円で売却した場合(譲渡費用は無視)、単純計算で約1,970万円もの税金がかかることになるのです。

なぜM&Aに「税理士」が必要不可欠なのか?

1.「株価算定(バリュエーション)」の妥当性を評価する

買い手企業は、あなたの会社の価値を評価し、買収価格を提示してきます。その評価額(株価)が、あなたの会社の真の価値に見合った、適正なものなのか。顧問税理士であれば、会社の財務状況を深く理解しているため、その評価額の妥当性を客観的に判断し、交渉の材料を提供してくれます。

2.役員退職金を活用した「節税スキーム」の立案

会社売却を成功させるための、最も代表的で強力な節税策が「役員退職金の活用」です。株式の売却前に、あなたが会社から役員退職金を受け取ることで、課税対象となる株式の売却益を圧縮できます。役員退職金は、株式の譲渡所得(税率約20%)よりも税制上優遇されているため、トータルの手取り額を最大化できる可能性があります。この退職金の適正額の計算や、支給のタイミングなど、最適なスキームを立案するのが税理士の重要な役割です。

3.デューデリジェンス(買収監査)への対応

M&Aのプロセスでは、買い手側があなたの会社の財務状況や法務リスクなどを詳細に調査する「デューデリジェンス」が必ず行われます。この際、過去の申告に誤りやリスクが見つかれば、買収価格の引き下げや、最悪の場合、交渉決裂の原因にもなりかねません。税理士は、事前に自社の財務状況をチェックし、調査に万全の体制で臨むためのサポートをしてくれます。

失敗しない!M&Aに本当に強い税理士の選び方

ここで注意すべきは、全ての税理士がM&Aに詳しいわけではない、ということです。M&Aの税務は非常に特殊な分野であり、高度な専門知識と経験が求められます。国もM&A支援機関登録制度を設けるなど、専門家の重要性を説いています。

  • M&Aの仲介手数料ではなく、「成功報酬」で動いてくれるか
    M&Aに強い税理士は、単なる手続きの代行ではなく、あなたの利益を最大化することをゴールとしています。そのため、M&Aの成立(成功)を条件として報酬を請求する体系を取っていることが多いです。
  • 役員退職金の活用など、具体的な節税スキームの提案力があるか
    初回の相談時に、「私の会社の場合、どのような節税策が考えられますか?」と質問してみましょう。その際に、役員退職金の活用など、具体的な提案が出てくるかどうかは、重要な判断基準です。
  • 過去のM&A支援実績が豊富か
    「これまで、どのような業種・規模のM&Aをサポートしてきましたか?」と、具体的な実績を確認しましょう。成功事例だけでなく、失敗事例から得た教訓などを話してくれる税理士は、より信頼できるでしょう。

「中小企業M&Aの税金と税理士選び」まとめ

  • 中小企業のM&A(会社売却)で最も一般的なのは「株式譲渡」
  • 個人の売却益(譲渡所得)には、合計20.315%の税金がかかる。
  • M&Aにおける税理士の役割は、「株価の評価」「節税スキームの立案」「デューデリジェンス対応」の3つ。
  • 特に役員退職金の活用は、手取り額を最大化するための重要な戦略。
  • M&Aの税務は特殊なため、必ず支援実績が豊富な税理士をパートナーに選ぶべき。

会社の売却は、経営者にとって人生を懸けた一大イベントです。その努力の結晶を、最大限の形で手にするために、そして次の人生のステップへと円滑に進むために、M&Aに強いプロフェッショナルのサポートは不可欠です。

当サイト「税理士コラボネット」では、中小企業のM&A支援に豊富な実績と高い専門性を持つ先生方をご紹介しています。あなたの会社の価値を正しく評価し、成功へと導くパートナー探しを、ぜひお手伝いさせてください。

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